Sin embargo, con el asentamiento del profesionalismo en el fútbol español, se consideró oportuno crear un campeonato de liga a semejanza del ya existente en Inglaterra, tanto por razones competitivas como de rentabilidad económica. Los esfuerzos del club durante todo el año 1992 por acogerse al plan de saneamiento con el que la Liga Nacional de Fútbol Profesional pretendía salvaguardar a los clubes de fútbol españoles más endeudados habían sido inútiles. El 25 de mayo de 1948 se funda el Club Atlético Malagueño con la plantilla del Club Deportivo Santo Tomás como base del nuevo equipo, para convertirlo en filial del Club Deportivo Málaga.